Орган по сертификации ФГБУ «ВГНКИ» является структурным подразделением Всероссийского государственного Центра качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов, подведомственного Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному (Россельхознадзор).