На сумму несвоевременного возврата НДС с налогового органа взыскали проценты

Общество представило уточненную налоговую декларацию по НДС. После ее камеральной проверки управление вынесло решение возместить НДС в размере 9 519 391 рубля. Компания подала в налоговый орган заявление на возврат денежных средств. Управление установило, что по состоянию на 28.12.2023 сальдо ЕНС общества было отрицательным в сумме 1 379 124 рубля. Платежными поручениями от 28.12.2023 общество оплатило задолженность бюджету. Налоговый орган отразил оплату на ЕНС 29.12.2023. Однако организации вернули на расчетный счет 09.01.2024 только 8 140 266 рублей. Общество направило новое заявление на возврат НДС в оставшейся сумме, которую перечислили организации 25.01.2024. Компания посчитала, что на 29.12.2023 не было оснований для отказа в возврате НДС в полной сумме. Налогоплательщик подал жалобу в вышестоящий орган, но ее не удовлетворили. Тогда общество подало исковое заявление с требованием взыскать проценты за период задержки возврата денежных средств. Суды трех инстанций частично удовлетворили требования истца, уменьшив сумму начисленных процентов. Они пришли к следующим выводам: управление несвоевременно вернуло денежные средства, формирующие положительное сальдо ЕНС; платежными поручениями, переданными в банк 28.12.2023, общество перечислило денежные средства в счет оплаты задолженности; определяя размер процентов, которые подлежат начислению, а также суммы ЕНС, на которую они должны быть начислены, учтены поступление платежей, исчисление сумм к уплате, а также дата возврата денежных средств по повторному заявлению организации. Документ включен в СПС "КонсультантПлюс" ПОСТАНОВЛЕНИЕ Арбитражного суда Северо-Западного округа от 09.06.2025 № Ф07-3056/2025