Президиум формируется из представителей компаний-членов Союза, а также независимых членов. Избрание президиума осуществляется путем голосования представителей компаний, входящих в СОЖТ. По результатам голосования, президент Группы компаний «Новотранс» Константин Гончаров вошел в состав Союза.
Сложности с покупкой билетов РЖД на лето сохраняются